一、Genetics, Genetic Collection of Characters of Structural Shrub Characteristics of G. hirsutum L.（论文文献综述）
李方东[1]（2021）在《茶树转录组组装评估与多组学生物信息平台开发》文中进行了进一步梳理茶树是我国最重要的传统经济作物,其叶制成的茶叶是世界上最受欢迎的仅次于水的第一大非酒精饮品,具有巨大的经济、健康和文化价值。近年来,随着高通量转录组测序技术的广泛应用,有力推进了茶树生物学基础研究进程。然而目前大部分组装软件及其分析流程均依据于模式植物的转录组数据设计的,其在非模式植物如茶上的应用存在诸多问题,因此急需开发适宜茶树转录组组装和分析的方法与策略。同时,随着茶树基因组和代谢组数据的增加,亟待构建能够整合大量不同类型组学信息与分析方法的综合数据分析平台。为此,本研究基于茶树基因组学、转录组学、代谢组学等数据资源,借助通用计算机系统、开放的数据库平台架构、高效的数据库存储系统,并结合智能的搜索引擎、友好多样的数据展示方式和简便易用的生物信息分析工具,优化茶树转录组数据组装策略,构建茶树基因组数据库分析平台,以促进茶树生物学大数据的共享和各类组学的挖掘研究。本研究的主要研究结果如下:（1）利用的茶树八个代表性组织的高深度二代转录组测序数据,通过随机抽取数据法进行全组织混合组装模拟,抽取的测序数据量为32 Gb,然后使用五种主流的转录组从头组装软件（SOAPdenovo、Trans-ABy SS、Trinity、Bridger和Bin Packer）分别进行茶树转录本重构组装,利用植物直系同源单拷贝基因库比对、公共数据库注释和转录本表达模式的分析等统计学方法进行评价。结果发现在使用32 Gb模拟测序数据量进行转录组组装时,Bin Packer组装软件和Bridger组装软件的各项评估指标均优于其他三个软件。进一步比较得出,Bridger软件在转录本N50长度、平均序列长度和序列完整性指标上略优于Bin Packer软件,同时组装的完整性也和茶树三代转录组测序相当,说明这两个软件尤其是Bridger可能更加适合茶树转录本的从头组装。（2）通过随机抽取序列进行不同数据量全组织混合和单组织组装,模拟茶树4-84 Gb测序量下使用上一步已评价较适合的Bridger组装软件分别进行组装,然后评估数据量对茶树转录组组装的影响。通过对组装结果基本指标进行统计和BUSCO评价分析得出,当茶树全组织混合组装的数据量为48 Gb时各项指标均较优,说明48Gb是茶树全（多）组织组装的优先选择的测序量。进一步进行单组织和多个组织不同数据量的组转评估得出:1)随着单组织测序数据量的增加,组装出转录本的数量也在增加,同时BUSCO评估的缺失率也在降低。当数据量达到6 Gb时,8个组织中6个组织的组装BUSCO缺失低于20%;继续增加至数据量至9 Gb时,8个组织组装的BUSCO缺失均低于20%,甚至嫩叶样本的完整性超过90%。2)对多个组织进行不同数据量组装时,其变化规律和单组织组装相似;同时两个以上组织的混合组装得到的转录本数量和完整性也优于单个组织的组装。这些结果说明,单组织组装数据量在6至9 Gb时可以获得较好的结果,性价比较高,但继续增加单组织组装的数据量或者进行多个组织混合组装均可提高转录本的数量和组装完整性。（3）本研究通过广泛收集和自主测序,整理并获得了茶树基因组图谱、24种山茶属植物共计97个转录组、代谢组、甲基化组、种质资源及大量生物和非生物胁迫基因表达谱数据,利用基因表达和代谢物分布模式的相关性等建立起各数据之间的联系;通过Mysql数据库存储、网页服务器工具和基于JAVA语言等各类计算扩展包,构建了以茶树基因图谱为框架的茶树基因组数据库平台。平台通过前端HTML5网页设计数据库整体界面,集成高性能的搜索引擎和友好的可视化工具,为用户提供基本的检索和结果的展示,以及批量下载各类丰富的数据信息。通过集成各类生物信息分析工具（如BLAST,GO和KEGG功能聚类,相关性分析,同源基因搜索,ORF搜寻,多态性SSR位点鉴定和引物设计等）,有助于研究者快速检索以及深度挖掘数据库中丰富的组学数据并实现批量数据获取和可视化。以TPIA收集的不同种茶组植物的转录组和基因组数据为应用实例,本研究初步构建了代表性茶组植物的系统发育框架,结果表明,这些茶组植物物种可分为三组,其中栽培茶树聚集在一起并和C.makuanica、C.tachangensis等构成姐妹组,大理茶是该系统进化关系的基部类群。我们进一步检索了茶组植物叶片中儿茶素和咖啡因的代谢积累数据,然后根据物种分类关系将其映射到构建的系统发育关系上。结果表明,茶叶品质相关代谢物（如儿茶素）的含量随着物种进化轨迹而增加,最近分化的茶树积累的儿茶素和咖啡因比古老分支的物种多。这些数据全面揭示了茶组植物茶叶品质相关特征代谢产物的动态演化,为未来茶树功能基因组学研究和育种提供新的见解和重要线索。综上所述,本研究通过对茶树转录组装策略的研究和优化,探索了适宜茶树二代转录组组装的软件和测序量;同时对基因组学等相关组学数据进行广泛收集和分析,构建了茶树目前最全面的基因组数据库平台,为茶树分子生物学研究提供了丰富的数据和理论基础,将有助于推动茶树功能基因组学、进化生物学和群体遗传学等研究以充分发掘利用茶树优质基因资源,进而指导茶树遗传育种和品种改良,进而促进茶产业的可持续发展。
陈晨[2]（2021）在《陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传分析》文中认为棉籽作为棉花的副产物,棉仁含油率可达35%～45%,新疆具有得天独厚的自然条件,棉籽含油率更是高于内地棉区;近年来,随着加工业水平的不断提高,各行各业对棉籽油的需求逐渐增大,因此,对棉花种子油脂性状和物理性状进行遗传研究,将有利于为南疆陆地棉种子含油率的遗传改良提供科学理论依据。本研究选用7个陆地棉高代品种（系）,按完全双列杂交（正交）的方式配制21个杂交组合,同时采用包括基因型和基因型与环境互作在内的二倍体种子胚-细胞质-母体效应遗传模型Go CGm（2n）,估算出陆地棉种子各项遗传方差、遗传率、成对性状间的相关性、遗传效应预测和杂种优势表现等。主要研究如下:1.对各节位含油率进行遗传效应分析发现:（1）不同节位存在不同的遗传效应,第5～14节位的含油率均以基因型与环境互作效应为主,其中第5和第6节位的含油率以胚互作效应为主,而第7～14节位则以母体互作效应为主。（2）各节位的遗传率分析表明,第5和第6节位的含油率以普通狭义遗传率为主,第7～14节位则以互作狭义遗传率为主,其中第8节位的总狭义遗传率较高,说明第8节位的含油率遗传稳定,易取得较好的改良效果。（3）各节位的遗传效应预测值表明,a115-11会明显增加杂种后代第6、8、9节位的含油率,新陆中38可增加后代第13节位的含油率,新陆中59在第6、7、9、11、12节位上都会增加它们杂种后代的含油率。2.对中部节位油脂性状和物理性状进行遗传效应分析发现:（1）含油率、亚油酸含量、棕榈酸含量、壳指、仁指和毛籽指都以基因型与环境互作效应为主,其中均以母体遗传效应为主,种仁率与仁壳比则主要受遗传主效应的控制,其中胚、细胞质和母体效应占比相差不大。（2）遗传率分析表明,壳指、种仁率和仁壳比以普通狭义遗传率为主,仁指、毛籽指、含油率、亚油酸含量和棕榈酸含量以互作狭义遗传率为主。（3）遗传相关性分析表明,壳指与仁指、仁指与毛籽指的表现型和基因型都达到了显着和极显着水平的正相关;含油率与亚油酸间只存在较大的直接加性互作和母体加性互作负相关,含油率与棕榈酸,亚油酸与棕榈酸之间没有明显各项相关性;含油率与各物理性状间的基因型和表现型都存在着极显着的负相关;亚油酸与壳指间仅表现型和基因型都达到了10%显着或极显着的负相关,与仁指间以胚显性正相关为主,与毛籽指间只有10%显着的表现型正相关,与种仁率之间存在着显着或极显着的基因型和表现型正相关,与仁壳比之间存在着显着或极显着的基因型和表现型正相关;棕榈酸与壳指、仁指和毛籽指之间的基因型和表现型达到显着或极显着水平,但两者的相关性质相反,基因型为正值,但值较小,说明棕榈酸与壳指、仁指和毛籽指表现较弱的正相关,在提高壳指或仁指或毛籽指的同时,对棕榈酸含量的增加幅度不会太大,与种仁率和仁壳比之间的相关受环境影响较大,均以胚加性互作和母体加性互作正相关为主。（4）杂种优势分析表明,壳指、仁指、毛籽指、种仁率、仁壳比,含油率、亚油酸含量和棕榈酸含量均以母体优势为主,且受环境的影响较大。（5）遗传效应预测值表明,a115-11明显降低杂种后代的含油率,亲本a115-11和新陆早62能明显降低杂种后代的壳指,在仁指方面,新陆中53和新陆早62有明显的减效作用,而a115-11则产生明显增效作用,新陆早62对降低杂种后代毛籽指效果明显,就种仁率和仁壳比而言,cm3、a115-11和新陆早62在总体上对其杂种后代都有明显的增效作用,这在陆地棉高种仁率和高仁壳比育种中可以加以利用,而新陆中38和新陆中59在降低其杂种后代效果明显。
李响[3]（2020）在《基于转录组测序挖掘蜡梅挥发类萜代谢途径关键基因及功能分析》文中提出蜡梅（Chimonanthus praecox）为我国传统香花植物,于寒冬腊月开放,具怡人的芳香,是提取香精的理想材料。蜡梅花中的挥发性有机物（VOC,volatile organic compound）的主要成分包括苯环类化合物和萜烯类化合物,后者以单萜类化合物和倍半萜类化合物为主。为了研究蜡梅花VOC的合成与调控机制,我们以2个不同基因型蜡梅的花构建了转录组,以不同时期不同部位的样本构建了 10个表达谱,通过对转录组测序结果和表达谱差异表达基因分析,挖掘蜡梅挥发类萜代谢途径关键基因,对筛选得到2个萜烯合成酶（TPS,terpene synthase）基因进行鉴定、克隆及功能验证。主要结果如下:1、完成2个基因型的蜡梅花转录组测序。选择校园内自然生长的2株蜡梅H29和H64,取不同时期不同部位的10个花样本,提取RNA构建了 2个转录组,并将2个库的数据整合形成1个总库。这3个库的Unigene总数分别为73,952 个、89,200 个和 83,257 个,总库 N50 为 1174 bp。所有的 Unigene 都与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO 数据库进行比对,50213 条 Unigene（60.31%）得到功能注释。2、分析转录组数据,筛选候选基因。根据功能注释,找到类萜挥发物合成相关Unigene 共 101 条,包括甲羟戊酸代谢途径（MVA,mevalonic acid pathway）Unigene 24 条,二甲基赤糖醇代谢途径（MEP,methylerythritol phosphate pathway,）Unigenen 37 条,异戊烯转移酶基因（PTS,Prenyltransferase）Unigene 16 条,萜类合成酶（TPS,terpene synthase）Unigene 24 条。总共 1656 个 Unigene 被注释为转录因子,这些基因来自51个维管束植物转录因子大家族,包括MYB、bHLH、WRKY、AP2/ERF 等家族。3、完成10个不同基因型不同发育时间的蜡梅花表达谱。取来自2个基因型的10个不同发育时间的蜡梅花样本进行表达谱测序,所得原始数据标签数量均在300万条以上,clean tags 比例均在95%以上,每个样本的匹配标签数均在clean tag总数的80%左右,最高84.97%,最低78.49%。4、分析表达量数据得到差异表达基因。通过分析类萜合成关键代谢途径基因,我们得到以下Unigene的表达量数据:糖酵解途径39条、磷酸戊糖途径相关基因共10条、MVA和MEP代谢途径基因19条。筛选H29和H64的共差异表达基因,并进行STEM分析,根据这些共表达基因的功能注释,选择了 5个代谢途径基因,8个共上调表达基因,以及2个共下调表达基因进行了进一步的定量分析,获得了:a)候选Unigene在H29、H64以及SW001这3个基因型的蕾、初开、盛开3个时期的表达情况;b)候选Unigene在10个蜡梅基因型的表达结果;c)候选代谢途径Unigene在不同组织中的表达结果;d)验证了 Unigene表达调控趋势与表达谱分析的一致性,表达谱数据可信;e)光照和温度对候选Unigene的调控作用。5、克隆得到2个CpTPSs基因。应用qRT-PCR和RACE-PCR技术克隆得到CpTPS313和CpTPS1 72基因。CpTPS313基因的cDNA全长为1629bp,开放阅读框完整,长为1512bp,编码504个氨基酸,与来自不同物种的芳樟醇合成酶蛋白序列（LINS,Linalool synthase）同源性较高;CpTPS1 72基因的cDNA全长为1972 bp,开放阅读框完整,长为1758 bp,编码586个氨基酸,与罗勒烯合成酶（ocimene synthase）相似度较高。两个基因的蛋白质序列均包含一个完整的terpene-synthase功能域,属于萜类合成酶家族。6、通过转化烟草对CpTPSs基因进行功能验证。将CpTPS313和CpTPS1 72基因转入烟草的花进行超表达,待转基因植株开花后,采用顶空固相微萃取以及气相色谱-质谱技术（HS-SPME-GC-MS）对烟草花挥发成分进行分析,发现只有CpTPS1 72转基因株系检测到了大量的新增挥发物,多为倍半萜和双萜衍生物。推测CpTPS1 72可能具有多功能,可以与FPP和GGPPS底物结合催化类萜的生物合成。本研究拟通过构建蜡梅花转录组,并通过表达谱分析不同基因型和不同发育时期的差异表达基因,明确蜡梅花VOC中类萜生物合成代谢途径的关键反应步骤酶和特定的类萜产物,为阐明次生代谢化合物的生物合成途径以及花香散发机理提供依据。
窦慧敏[4]（2020）在《整合多组学分析的主要农作物干旱胁迫转录调控研究》文中研究说明随着基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等各种“组学”技术的相继产生,标志着后基因组时代的到来,为全面了解生物学系统和机制提供了前提条件。但由于干旱胁迫调控机制复杂,就目前单纯研究某一单一组学数据已经很难满足其系统生物学越来越高的研究期望,故需要整合多组学分析来弥补某一单一组学中缺失或不可靠的信息。从多分子水平层次出发,系统研究基因、m RNA、蛋白质和小分子间的相互作用,揭示作物响应逆境胁迫的分子机理,为生物信息学辅助抗逆农作物品种分子育种提供新思路。主要是从基因组与转录组、转录组与蛋白组等不同组学生物关联分析出发研究。使用RNA-Seq转录组分析技术,确定主要农作物受干旱胁迫的富集基因。使用同源分析,从种属层次对受干旱胁迫的富集基因进行整合,从系统生物学角度阐述逆境调控机理。使用基于序列分析算法,预测抗旱富集的直系同源基因的分子生物学和植物生理学上特征。最后基于机器学习算法对同源基因的生理生化数据进行抗逆性预测建模。研究的主要工作如下:1)通过RNA-Seq数据分析技术,发现水稻、玉米、小麦这些抗逆调控的富集基因。采用有参转录组分析策略,挖掘抗旱主要农作物的RNA-seq数据,通过差异表达分析、GO和PATHWAY富集分析,确定每个物种受干旱调控基因的富集情况。2)通过基因序列比对分析和进化分析整合作物的富集同源基因,从种属层次阐述抗旱机理。使用序列比对分析筛选相似度较高的序列,同时结合系统进化树的邻接法算法,最终确定直系同源基因有232条,其中有58条基因注释到KEGG数据库,注释信息表明大部分基因参与了次代谢物的生物合成、氨基酸代谢、基因切除和修复功能、抗性调控功能,整合后的基因有较高可信度。3)使用多种基于序列分析算法,对抗旱富集的直系同源基因的理化性质和蛋白质结构进行了分析和预测。研究表明大部分同源基因可转录翻译成亲水可溶性蛋白、非跨膜蛋白;绝大多数基因都定位细胞核、线粒体以及细胞质等;预测蛋白质的二级结构均由α螺旋和无规则卷曲为主,且大部分同源基因蛋白的无规则卷曲结构比例偏多。这些预测有助于阐述抗旱富集的直系同源基因表型功能,为分子育种提供数据上支持。4)使用机器学习的算法对作物的同源基因的生理生化数据进行抗逆性预测建模。通过多种模型算法比较,决策树算法的效果最好,准确度达到了95.65%。选择决策树算法可以对基于序列分析的农作物抗旱的生物学数据建模,预测基因参与抗旱调控的富集表型。通过多组学的整合分析,从系统生物学角度对主要农作物响应干旱胁迫机制及代谢调控网络基因的相关作用关系进行了阐述,明晰响应逆境的基因转录为m RNA,再翻译成为蛋白质后形成代谢物的多层次之间分子生物学上协作关系,阐释关键功能基因的表达模式及通路,为作物抗逆分子育种研究提供生物信息学上的支持,为抗逆生物化学和植物生理学研究提供数据上的支撑,采用该模型,辅助抗逆基因鉴定,从一定程度提升抗逆品种的筛选时效,对研究抗旱机制有着积极的作用。
侯泽豪[5]（2020）在《甜荞耐旱性鉴定与组学分析》文中认为荞麦是蓼科（Polygonaceae）荞麦属（Fagopyrum spp.）的双子叶粮食作物,主要种植于我国西北、华北、西南地区的高海拔地带和云贵高原山区,水分调控措施的缺乏与灌溉技术的落后导致荞麦种植区常出现季节性缺水,严重影响了荞麦生长发育和产量形成。因此,鉴定和筛选具有耐旱性的荞麦种质资源,是选育耐旱新品种,解决该地区荞麦生产现状和增加荞麦产量最为有效的手段。此外,挖掘荞麦耐旱基因,从分子水平深入研究和阐明耐旱机理对于开发和利用荞麦种质资源,培育优质耐受性强的荞麦品种具有重要意义。本次研究利用转录组学与蛋白质组学研究了荞麦幼苗的耐旱生理与分子机理,挖掘耐旱相关基因;此外,通过对80份不同来源的甜荞种质资源进行耐旱性鉴定,筛选耐旱种质,为培育具有优良耐旱性的荞麦品种提供参考信息和理论依据。主要研究结果如下:（1）干旱胁迫对荞麦幼苗的生理生化过程产生了较大的影响,荞麦幼苗子叶的相对含水量（RWC）随着干旱胁迫时间的延长而下降,并伴随有叶片萎蔫卷曲的现象,幼苗子叶中MDA含量的积累量及CAT和POD酶的活性随着干旱胁迫时间的延长而升高,且荞麦幼苗子叶中叶绿素a/b比率和Rubis CO酶的活性在干旱胁迫5天时显着低于对照。这些研究结果表明干旱胁迫下,荞麦幼苗可通过提高抗氧化酶类的活性以消除活性氧（ROS）的积累,且干旱胁迫会导致光合作用能力的降低。（2）转录组学测序分析发现参与光捕获与卡尔文循环的基因其转录本的表达水平显着下降,表明干旱胁迫对荞麦的光合作用反应产生了较大的抑制作用。荞麦地上部与地下部对于干旱胁迫有着不同的响应模式,通过GO与KEGG富集分析发现,荞麦幼苗子叶中的差异表达基因（DEGs）主要与信号传导、激酶活性、DNA修饰作用和氧化还原酶活性相关;荞麦根部的DEGs主要与蛋白质磷酸化、蛋白质修饰及大分子修饰等修饰反应及小分子代谢、蛋白质代谢、碳代谢和磷代谢等生物代谢过程相关;此外,在荞麦幼苗子叶和根部中,转录因子（TFs）对于干旱胁迫也存在着不同的响应模式。（3）通过对干旱胁迫5天的荞麦子叶进行蛋白质组学分析发现,干旱胁迫下的差异丰度蛋白质（DAPs）主要在苯丙酸生物合成、催化活性、蛋氨酸腺苷转移酶活性和铁离子结合等方面发生了显着变化。通过蛋白质互作网络（PPI）分析发现参与苯丙氨酸生物合成与类黄酮生物合成等次生代谢产物相关的14个DAPs与6个与DNA复制与同源重组相关的DAPs在干旱胁迫时呈下调表达,而5个热应激蛋白（HSP）家族蛋白质和1个HSP60分子伴侣蛋白家族/TCP家族成员蛋白质,其表达丰度受干旱胁迫诱导而提高,且与较多的蛋白质发生了互作,可作为提高荞麦耐旱性的候选基因。这些结果表明干旱胁迫下荞麦幼苗可通过提高耐逆相关基因的转录活性以促进相关功能蛋白质的合成,同时降低次生代谢产物合成与DNA复制过程以抵御干旱胁迫。（4）本研究通过建立荞麦萌发期耐旱性鉴定体系,确定了20%的PEG6000高渗溶液是进行荞麦萌发期耐旱性的最适浓度;且相对发芽率、萌发耐旱指数和根长胁迫指数等耐旱性鉴定指标与荞麦萌发期耐旱等级显着相关,可作为荞麦萌发期耐旱性鉴定的有效指标。对80份甜荞种质资源进行了耐旱性鉴定,共筛选得到了耐旱性极强的种质资源3份,耐旱型种质13份;耐旱性较弱种质33份;敏感型种质31份,为荞麦开展耐旱性研究和挖掘耐旱种质提供了理论信息。（5）通过对12份具有不同耐旱性荞麦种质资源的Fe DREB1L基因及启动子进行等位变异分析发现,Fe DREB1L基因存在4种等位变异类型;在Fe DREB1L基因启动子中存在3种等位变异类型,种质资源间的变异主要集中于参与干旱应答的重要启动子区段;且不同耐旱性种质中Fe DREB1L基因与启动子存在不同的组合类型,推测这些变异可能与荞麦种质资源耐旱性强弱的分化有关。
张娜瑶[6]（2019）在《陆地棉优异种质资源遗传结构与重要农艺性状关联分析》文中研究表明棉花是世界上最重要的经济作物之一。不仅为纺织工业提供大量的纤维,还为原油生产提供材料。然而,由于研究报道的与产量和纤维品质性状的关联位点信息较少,棉花标记辅助育种在很大程度上落后于其他主要作物。本研究利用19个微卫星引物和2个核基因标记,研究了陆地棉优良种质资源的遗传结构和基因流模式,并对15个重要农艺性状（包括10个产量组分和5个纤维品质性状）进行了关联分析。结果表明,陆地棉种质资源遗传多样性（SSRs,多态性信息含量=0.427）和核苷酸变异性（Pi=0.01330）水平较低,基于SSR的贝叶斯聚类分析结果表明,棉花种质资源不存在明显的地理结构,不同主栽区域间发生了广泛的遗传交换和基因渐渗,这可能是由于人类活动引起的频繁渗入和花粉迁移所致。SSR标记与重要农艺性状关联分析进一步表明,82个标记位点-性状关联显着,其中以标记解释的表型变异比例在3.04%至47.14%之间。尤其值得注意的是,在一个以上的环境条件下检测到9个SSR位点的关联。此外,14个SSR基因位点与两个或两个以上不同的农艺性状相关联。其中,NAU4860和NAU5077基因位点同时与三种纤维品质性状（棉花整齐度指数、断裂比强度和麦克隆值）相关联,且至少在两种环境中检测到。综上所述,这些研究为棉花优良种质群体遗传结构和遗传交换模式研究提供了新的视角。在今后的棉花分子育种实践中,鉴定出的棉花数量性状位点对提高棉花产量和纤维品质具有重要意义。
刘富杰[7]（2019）在《利用RNA-seq挖掘澳洲棉7号染色体黄萎病抗性相关基因的研究》文中研究表明棉花是我国重要的经济作物,黄萎病是影响我国棉花产量最主要的病害。种植抗性品种是目前最经济有效的防治手段,但目前棉花生产上种植的陆地棉基本为耐病品种,培育抗病品种缺少优异的抗病种质资源。棉花抗性鉴定表明野生棉种中存在优异抗性资源,因此从野生棉中发掘抗性基因,可以为棉花抗病育种提供新的抗性基因资源。本研究以含有澳洲棉7号染色体片段的易位系为实验材料,采用黄萎病强致病力菌株V991接种棉花,并以水处理为对照,利用RNA-seq技术,分析其接种前后基因表达差异,并结合生物信息学的技术解析抗病信号通路。挖掘澳洲棉7号染色体的抗病相关基因,为选育棉花抗病品种提供理论依据和基因资源。取得的主要结果如下:1.在易位系中鉴定到受病菌诱导特异表达的基因转录组测序一共检测到80,000个表达的基因或转录本,其中FPKM≥2的基因占60%。并且FPKM≥2的基因在易位系和对照植株间,85.21%的基因是共有的。通过差异基因表达分析,共鉴定到受到黄萎病菌诱导的4421个差异表达的基因。对比对照植株来说,有1622个差异表达的基因是受到诱导后在易位系中特有的,仅有15.3%的基因是两个材料受到诱导后共有差异表达的。2.识别易位系响应病菌侵袭的重要时间点选取了 0h,24h,48h和72h四个感染时间点,来探讨易位系材料响应病菌侵袭的关键时间点。在接菌72h后,防御反应的标记基因JAZ3、ERF1和PR4,均显着上调表达（log2FC≥2）。通过层次聚类和功能注释分析,也发现72hpi差异表达的基因主要的功能是对氧化应激的反应、植物宿主的防御反应以及对茉莉酸的响应。因此,确定72h是易位系棉花响应黄萎病菌侵袭的重要时间点。3.基因的功能注释解析易位系的抗病途径对差异表达的基因,进行G0和KEGG富集分析,结果显示,差异基因的功能主要是植物宿主响应于非生物胁迫和响应于生物胁迫,其次是响应于茉莉酸的信号。同时在KEGG生物学通路富集分析中,茉莉酸生物合成通路和苯丙烷类代谢通路均被富集到。在苯丙烷通路中,核心酶类基因均在72hpi时被诱导显着上调表达。4.WGCNNA确定候选基因通过WGCNA,将差异表达基因共划分为12个基因模块。其中关联分析筛选到两个目标基因模块,magenta基因模块（相关系数0.8）和red基因模块（相关系数0.71）。从目标基因模块内,一共选择21个候选基因,其中有12个基因是来自于澳洲棉供体亲本。
李晨[8]（2019）在《基于蔓越橘果实转录组的内参基因的筛选》文中提出内参基因对利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）进行基因表达分析时数据标准化至关重要。在本研究中,参考植物中传统内参基因,并结合蔓越橘果实转录组数据,从中选择了肌动蛋白（ACTIN）,亲环素类（CYP 2）,延长因子1α（EF-1α）,F-box蛋白家族（F-box）,3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）,β微管蛋白（TUBB）,sand家族蛋白（SAND）,18S核糖体RNA（18s rRNA）,蛋白磷酸酶2A调节亚基（PP2A）和RH 8十个候选内参基因分别进行qRT-PCR,同时利用三种统计学软件（geNorm,NormFinder和Bestkeeper）进行数据分析,评估了各候选内参基因分别在蔓越橘处于不同试验因素影响下的表达稳定性（不同栽培品种的蔓越橘;蔓越橘的不同组织;盐胁迫处理的蔓越橘;碱胁迫处理的蔓越橘;PEG模拟干旱胁迫处理的蔓越橘）。得到的主要结果为:1.在不同品种的蔓越橘中,PP2A是作为单个内参基因的最佳选择,PP2A+SAND是作为内参基因组合的最佳选择;18S rRNA是该样品集合中表达水平最不稳定的候选内参基因。2.在蔓越橘的不同组织中,SAND是作为单个内参基因的最佳选择,PP2A+SAND是最佳的内参基因组合;ACTIN是该样品集合中表达水平最不稳定的候选内参基因。3.在蔓越橘遭受非生物胁迫时:盐胁迫处理的蔓越橘中PP2A和CYP 2都可以作为单个内参基因的最佳选择;碱胁迫处理的蔓越橘中PP2A是作为单个内参基因的最佳选择;PEG模拟干旱胁迫处理的蔓越橘和非生物胁迫处理的蔓越橘中SAND都是作为单个内参基因的最佳选择;PP2A+SAND是蔓越橘在遭受上述非生物胁迫条件时最优秀的内参基因组合;当蔓越橘遭受非生物胁迫时,GAPDH的表达水平在蔓越橘处于非生物胁迫时无法保持稳定状态。综合所有供试材料作为一个样本集合来进行数据分析时,不能准确筛选出稳定表达的单个内参基因或内参基因组合。综上所述,建议针对特定的试验条件选择合适的内参基因或内参基因组合进行数据标准化,以期获得可靠的基因表达分析的结果。本研究首次结合蔓越橘转录组数据筛选出不同试验条件下的蔓越橘中合适的内参基因,为研究特定试验条件下蔓越橘的基因表达分析、揭示蔓越橘生物学特性以及蔓越橘遗传育种等方面的研究奠定基础。
王遂[9]（2019）在《白桦全基因组测序及分析》文中研究指明白桦（Betula platyphylla）是桦木科（Betulaceae）桦木属（Betula）的落叶阔叶树种,主要生长在亚洲温带和寒温带地区,最典型的特征是纸张状剥离的灰白色树皮和长长的横纹样皮孔。白桦是我国北方重要的绿化和用材树种,同时还具有很高的药用价值,一直被科研人员所关注。然而,白桦目前还缺乏完整的基因组信息,这严重制约了相关研究的进展。因此,本研究将利用二代和三代测序技术,对白桦基因组进行调研,分别对其细胞器和细胞核基因组进行组装和注释,并分析其特征,最终得到较为完整的白桦全基因组信息,为白桦分子及育种研究奠定基础;同时基于东北林业大学高性能计算机集群,开发一套适合于高杂合林木基因组的拼接注释流程,为今后其他林木基因组的解析提供帮助。基因组调研显示,白桦基因组大小约为432.9 Mb,杂合率约为1.22%,重复序列含量约为47.9%,属于高杂合基因组。同时发现野外取材的白桦叶片含有细菌污染,可能会对测序结果产生影响。因此最终决定采用无菌的白桦组培苗作为试材,通过二代和三代测序技术完成白桦全基因组测序。叶绿体基因组分析表明,白桦叶绿体基因组全长160,518 bp,包含一对长26,056 bp的反向重复序列（IRs）和被它们隔开的 89,397bp的长单拷贝（LSC）和 19,009 bp的短单拷贝（SSC）片段。整个叶绿体基因组共注释得到129个基因,包含84个编码蛋白的基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因。在编码蛋白的基因中,有3个使用了非ATG起始密码子。比较基因组学显示,壳斗目物种叶绿体基因组相对保守,但也存在一些变异热点区域,可以用于设计分子标记。RNA编辑位点识别表明,白桦叶绿体中至少有80处RNA编辑事件发生,其中大多数为C到U的转变,而少部分不是。特别是3个rRNA上的位点可以被编辑成2个以上不同的碱基,这在以往的研究中从未被报道过。对那些不改变氨基酸的同义编辑,其相对同义密码子使用度（RSCU）均有所提高。系统演化分析表明,与矮小桦（B.nana）相比,白桦和银桦（B.pendula）有着更近的亲缘关系。线粒体基因组分析则显示,白桦线粒体基因组全长581,539 bp,GC含量为45.5%。其上共注释得到了 65个基因,其中编码蛋白的基因40个,tRNA基因22个,rRNA基因3个。重复序列分析表明,白桦线粒体基因组上有96个长散在重复序列,其中包括43个正向（forward）和53个回文（palindromic）重复序列。基因组比较的结果显示,白桦线粒体基因组与近缘种银桦线粒体基因组具有良好的共线性。白桦线粒体中共识别出475处RNA编辑位点,远多于叶绿体。共线性分析显示,白桦线粒体基因组中有5个长片段区块来自叶绿体,占总长度的4.2%。白桦核基因组分析表明,共装配出contigs 1,540条,总计 430.4 Mb,contig N50为754.6 kb,GC含量为35.7%。利用子代和双亲的遗传图谱信息,将91.3%的contigs挂载到14条假染色体上。重复序列分析表明,白桦核基因组中的重复序列占50.54%,其中以转座子为主。非编码RNA注释共得到tRNA基因512个,rRNA基因265个。功能基因结构注释显示,在白桦核基因组上,共注释到编码蛋白的基因31,578个,基因区平均长度为4,229 bp,CDS平均长度为1,089 bp,每个基因平均含有4.78个外显子,鉴定出存在可变剪切现象的基因7,086个。BUSCO检测结果显示,94.2%的基因在白桦注释结果中被完整覆盖。基因功能注释结果表明,有27,965个基因得到了注释,占总数的88.6%。共线性分析显示,白桦与葡萄（Vitis vinifera）和毛果杨（Populus trichocarpa）基因组在染色体水平上有良好的共线性,且白桦和葡萄的一些典型共线性区域在毛果杨染色体上存在2个对应区域。全基因组复制分析进一步显示,白桦与葡萄一样,在被子植物形成后,仅经历了 1次全基因组三倍化事件。系统演化分析则表明,白桦与银桦亲缘关系很近,两者大约于2.6 Mya分开。
姬华伟[10]（2019）在《滇中磷差异立地栓皮栎化学计量特征和代谢组及遗传变异研究》文中研究说明磷（P）是参与生物生长、发育以及进化最重要的生命元素之一。矿质P元素风化释放、植物吸收以及在营养级之间的转移,是生物地球化学循环过程重要环节,强烈影响生态系统功能。由于长期风化和淋溶等地球化学过程,我国西南滇中地区形成了普遍贫P的亚热带土壤特点,并伴以钙（Ca）和镁（Mg）缺乏与铁（Fe）和铝（Al）富集。同时,滇中地区也分布着大面积磷沉积矿石,形成了大量的富P土壤,并与贫P土壤呈镶嵌分布。在这些土壤富P地区,土壤P、氮（N）以及Mg等元素含量成倍提高,使得该地区植物形成了基于富P的元素组成以及生态化学计量学特点。植物对这些不同土壤营养元素含量立地的长期适应,将可能形成基于元素供给差异的养分回流特征、化学表型（chemicalphenotype）（比如:代谢组（metabolome））以及种群遗传变异格局。因而,此区域成为研究植物对差异化P环境适应,以及在该环境下元素、代谢物含量及遗传变异特征的理想试验地。此外,在这些地质P富集地区,采矿和其它人为干扰造成了严重的植被退化,生态修复成为一个重要生态环境问题。但是,对于当地基于地质富P效应对植物影响、贫富P生境植物种群遗传差异以及植物对养分异质环境的适应策略及机制还缺乏深入系统研究。栓皮栎（Quercus variabilis）是东亚地区分布广泛的落叶阔叶树种之一,具有重要的木材、生态、景观和经济意义。在滇中地区,历史上栓皮栎是重要森林建群树种,以混交和纯林林分广泛分布,但是,现在仅在边远地区、公园和村落周边还残存天然林分或天然次生林分。因此,研究栎类树种森林生态系统性质、功能和影响因素,恢复和营造栓皮栎等栎类森林具有重要生态和经济意义。在本项研究中,以滇中基于地质富P土壤地区和周边典型贫P土壤地区为研究区域,选取栓皮栎天然群体为研究对象,开展了如下的研究工作:第一、富P和贫P立地栎树种子元素化学计量特点种子是植物的繁殖器官,种子化学组成既受到立地土壤营养元素供应潜力影响,也受到植物生物学特性影响。栓皮栎和麻栎（Quercus acutissima）是生物学和生态学性质相似的两个栎属树种,多为相伴分布。在本次试验中,分别在富P和贫P两种立地采集栓皮栎和麻栎种子样品,测定多种元素（碳（C）、N、P、硫（S）、钾（K）、Ca、Mg、Fe、锰（Mn）、锌（Zn）、铜（Cu）、A1和钠（Na））含量,计算元素化学计量比值和内稳态特征,以了解两个栎树树种对不同土壤养分的适应特点。研究发现,栓皮栎和麻栎种子元素化学计量特征都受到基于地质P变异以及内稳态调控的强烈影响,并且,立地类型（贫P和富P）似乎比栎树树种对种子元素化学计量变异的影响程度大。判别函数分析显示,P、K、Mg和Mn是区分贫P和富P立地间栎树种子元素组成差异的主要因子,且P对区分这种差异起主导作用;K和Na是区分两种栎树间种子元素组成差异的主要因子。栎树种子元素化学计量性状大都表现为严格内稳态,即内稳态调节强度较高;但是,栓皮栎和麻栎种子P都呈现为非严格内稳态,显示出对P变异环境较强的适应性。这些结果反映了基于地质化学的土壤富P和贫P效应对植物元素化学计量和组成的显着影响,同时突出了生物体养分需求生理调节的重要性。第二、富P和贫P立地栓皮栎叶片养分回流化学计量特征养分回流是植物适应养分含量变异环境的重要策略。为了解树种对基于地质土壤P差异条件的养分适应策略,我们确定了贫P和富P两种不同立地栓皮栎叶片12种元素的回流率（resorption efficency）和回流能力（resorption proficiency）,并比较了元素回流化学计量特征。P回流率差异对贫富P立地间栓皮栎养分回流变异格局起主导影响。富P立地栓皮栎具有低P回流率和回流能力,贫P立地栓皮栎具有高P回流率和回流能力。P回流率和回流能力都仅随土壤P含量升高而显着降低,并且与鲜叶和凋落叶N:P和C:P 比值呈显着正相关。同时,N:P和C:P回流比率都与土壤P含量呈正相关。这些结果显示,植物很可能形成了节省能量消耗满足自身养分需求的策略、贫P立地植物生产显着的P限制特征、以及P回流可能的最终限制元素控制模式。结果一致表明,树木叶片P回流特性对它们适应土壤P差异立地具有重要意义。第三、富P和贫P立地栓皮栎叶片代谢组和离子组特征为了解木本植物在基于地质化学土壤P差异条件下的代谢适应机制,我们整合代谢组学和离子组学方法,比较了分别生长于富P和贫P立地两个栓皮栎种群叶片的代谢组和离子组（ionome）。主成分分析（PCA）以及正交偏最小二乘-判别分析（OPLS-DA）表明,两个栓皮栎种群的代谢组和离子组在富P和贫P立地间都呈现显着差异,25种代谢物（主要是糖类、氨基酸和有机酸）和4种元素（P、S、Fe和Zn）分别对这种差异有显着性贡献,且其中的正磷酸盐对代谢组差异贡献最大。在贫P和富P立地,叶片正磷酸盐与总P含量都呈显着正相关,但是仅在富P立地,叶片总P和土壤P含量显着相关,表明土壤富P效应可能对两个栓皮栎种群间代谢组和离子组差异产生了强烈影响。基于差异标志代谢物的MetaboAnalyst代谢通路富集分析和拓扑分析表明,贫P和富P立地间主要涉及的栓皮栎代谢通路有:半乳糖代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢、乙醛酸及二羧酸代谢、果糖和甘露糖代谢。这些结果表明,富P立地和贫P立地栓皮栎种群间形成了差异明显的代谢物和元素组成以及相关关系,并且这可能与栓皮栎基于地质化学的土壤生态型形成以及适应当地生境的生长状况相关。第四、富P和贫P立地栓皮栎种群遗传变异及分化格局研究基于地质化学变异环境对植物遗传变异的影响,对于理解植物适应性进化有重要意义。在本次研究中,我们对分布于富P和贫P立地8个栓皮栎天然群体进行了ddRAD-seq简化基因组测序分析,结果如下:1)富P立地栓皮栎种群遗传多样性水平普遍低于贫P立地种群,并且种群遗传多样性水平仅与土壤P含量呈显着负相关（p<0.05）;2)栓皮栎种群间遗传分化程度较低:平均群体间遗传分化系数（Fst）值为0.047（范围从0.028到0.073）;3)8个栓皮栎种群总的遗传变异中95.76%的变异来自种群内,2.27%来自种群间,1.97%来自贫富P立地间,种群遗传变异主要来源于种群内不同个体间的变异;同时,贫P和富P两种立地两个栓皮栎群体间遗传分化水平较低,Fst值仅为0.025,但是遗传分化也显着（p<0.0001）;4)栓皮栎种群间遗传距离与地理距离呈显着正相关,说明种群间存在着地理隔离效应。但是,群体Pairwise Fst统计、PCA、系统发育树以及Structure模型聚类分析显示,栓皮栎种群分成了三个集群（clusters）,并按不同土壤P含量进行归属,土壤P含量差异最大立地种群间遗传分化程度也最高;5)选择信号分析发现,贫富P立地间栓皮栎种群受选择性清除区域内基因功能存在差异,一些受选择候选基因涉及转录因子以及蛋白合成与降解,并且可能在调控栓皮栎对土壤P可利用性以及其它逆境因子应答中起作用。这些结果表明,P在调节栓皮栎种群遗传多样性方面起较为重要作用,以及土壤P含量变异与贫富P立地栓皮栎种群遗传结构存在显着相关性;同时,土壤P含量可能作为重要选择压力,并可能使土壤P差异显着立地栓皮栎种群间发生了适应性遗传分化。总之,与一般亚热带贫P土壤立地相比,基于地质富P土壤立地不仅显着影响了栓皮栎养分和养分回流化学计量学特征、元素及代谢物组成,并且使得栓皮栎种群形成了与土壤P含量密切相关的遗传变异分布格局。通过基于化学计量学、代谢组学和离子组学、以及群体遗传学,分析基于地质贫富P效应对栓皮栎影响,为研究亚热带植物适应机制提供了新方法。通过这些研究结果,加深了我们对木本植物适应养分异质环境的策略及机制、适应性进化机制、以及生物对人为富磷化响应特点和可能的生态后果的理解,也为我们制定废弃磷矿区植被生态系统恢复措施提供了理论基础。
二、Genetics, Genetic Collection of Characters of Structural Shrub Characteristics of G. hirsutum L.（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Genetics, Genetic Collection of Characters of Structural Shrub Characteristics of G. hirsutum L.（论文提纲范文）
（1）茶树转录组组装评估与多组学生物信息平台开发（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 茶树概述 |
| 1.2 转录组测序 |
| 1.2.1 转录组测序技术 |
| 1.2.2 转录组组装研究进展 |
| 1.3 茶树转录组的研究进展 |
| 1.4 植物基因组数据库研究现状 |
| 1.4.1 植物基因组数据库 |
| 1.4.2 茶树数据库建设现状 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 第二章 茶树转录组组装 |
| 引言 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据的获取 |
| 2.1.2 茶树转录组组装方法 |
| 2.2 研究结果 |
| 2.2.1 茶树转录组组装最优化工具研究 |
| 2.2.2 茶树转录组组装最优化数据量研究 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 第三章 茶树基因组生物信息学平台的构建与应用 |
| 引言 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 数据材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 研究结果 |
| 3.2.1 茶树基因组注释优化 |
| 3.2.2 茶树基因组数据库的构建 |
| 3.2.3 生物信息学分析工具集成与应用 |
| 3.2.4 利用TPIA数据研究茶组植物的化学进化模式 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 第四章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 附图 |
| 附录B 附表 |
| 作者简介 |
（2）陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 棉花不同节位数量性状的研究进展 |
| 1.1.1 环境对棉花不同节位数量性状的影响 |
| 1.1.2 不同节位对棉花产量性状的影响 |
| 1.1.3 不同节位对棉花纤维品质性状的影响 |
| 1.2 棉花种子品质性状的遗传研究进展 |
| 1.2.1 棉花种子物理品质性状的遗传研究 |
| 1.2.2 棉花种子含油率、亚油酸含量和棕榈酸含量的遗传研究 |
| 1.3 棉花种子油脂性状和物理性状间的相关性研究 |
| 1.3.1 棉花种子物理性状间的相关性 |
| 1.3.2 棉花种子含油率、亚油酸含量和棕榈酸含量间的相关性 |
| 1.3.3 棉花种子油脂性状与物理性状间的相关性 |
| 1.4 棉花种子物理性状和油脂性状与产量、纤维品质间的相关性研究 |
| 1.4.1 物理性状与产量、纤维品质性状间的相关性 |
| 1.4.2 油脂性状与产量、纤维品质间的相关性 |
| 1.5 包括细胞质和母体效应的遗传模型 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 第2章 陆地棉各节位种子含油率的遗传分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 试验区概况 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 陆地棉各节位种子含油率的平均表现 |
| 2.2.2 陆地棉各节位种子含油率的遗传效应分析 |
| 2.2.3 陆地棉各节位种子含油率的遗传率分析 |
| 2.2.4 陆地棉亲本各节位种子含油率的遗传效应预测 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 陆地棉各节位种子含油率的遗传机制 |
| 2.3.2 陆地棉亲本遗传效应预测与各节位含油率的遗传改良 |
| 第3章 陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.3 试验区概况 |
| 3.1.4 性状测定 |
| 3.1.5 统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 陆地棉种子油脂性状和物理性状的平均表现 |
| 3.2.2 陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传效应分析 |
| 3.2.3 陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传率分析 |
| 3.2.4 陆地棉种子油脂性状间和物理性状间的遗传相关性分析 |
| 3.2.5 陆地棉种子油脂性状和物理性状的杂种优势分析 |
| 3.2.6 陆地棉亲本种子油脂性状和物理性状的遗传效应预测 |
| 3.3 讨论与结论 |
| 3.3.1 陆地棉种子油脂和物理性状的遗传机制 |
| 3.3.2 陆地棉种子油脂和物理性状间的遗传相关性 |
| 3.3.3 陆地棉种子油脂和物理性状的遗传改良 |
| 3.3.4 陆地棉种子各性状的杂种优势 |
| 第4章 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（3）基于转录组测序挖掘蜡梅挥发类萜代谢途径关键基因及功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 课题的提出 |
| 1.2 苯丙素/苯环类代谢途径研究进展 |
| 1.3 萜类代谢途径研究进展 |
| 1.3.1 萜类起源途径及合成前体基因研究进展 |
| 1.3.1.1 二甲基赤糖醇代谢途径 |
| 1.3.1.2 甲羟戊酸代谢途径 |
| 1.3.1.3 MEP与MVA途径之间的协助与调控 |
| 1.3.1.4 类萜前体化合物焦磷酸酯的合成及调控 |
| 1.3.2 TPS基因家族的结构与功能研究进展 |
| 1.3.2.1 TPS基因家族的分类 |
| 1.3.2.2 TPS基因的催化原理与保守结构域的功能 |
| 1.3.2.3 TPS基因的作用部位特异性及功能特异性 |
| 1.3.2.4 TPS基因的多功能性对植物VOC种类的影响 |
| 1.3.2.5 挥发萜类的修饰 |
| 1.4 植物VOC的调控研究进展 |
| 1.4.1 植物VOC的时空调控 |
| 1.4.1.1 植物VOC合成部位的特异性 |
| 1.4.1.2 植物VOC散发的昼夜变化 |
| 1.4.1.3 花发育过程中花香散发的变化 |
| 1.4.2 VOC分子层面的网络调控 |
| 1.4.2.1 调控类萜合成的转录因子 |
| 1.4.2.2 调控苯丙氨酸代谢途径的转录因子 |
| 1.4.2.3 其他调控因素对植物VOC成分的影响 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 2 不同基因型蜡梅花的转录组测序 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 RNA的提取与质量检验 |
| 2.2.2 转录组测序及数据拼接 |
| 2.2.3 转录组生物信息学分析 |
| 2.2.4 SSR和SNP标记的筛选 |
| 2.2.5 候选基因的同源克隆 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 RNA质量检测结果 |
| 2.3.2 转录组的组装结果 |
| 2.3.3 转录组的功能注释 |
| 2.3.4 SSR和SNP标记的筛选 |
| 2.3.5 转录组库测序序列准确性验证 |
| 2.3.6 花香代谢途径中关键酶基因的筛选 |
| 2.3.7 转录因子挖掘与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 类萜代谢途径关键基因的挖掘 |
| 2.4.2 转录组SSR和SNP位点分析及标记开发 |
| 2.5 小结 |
| 3 蜡梅花不同发育阶段的表达谱构建与差异基因筛选 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 表达谱构建实验材料 |
| 3.1.2 实时定量分析实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 表达谱样本测序 |
| 3.2.2 差异表达基因的筛选和表达差异模式聚类 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 表达谱测序质量分析 |
| 3.3.2 标准DEG聚类分析 |
| 3.3.3 样本相关性分析 |
| 3.3.4 代谢途径中关键基因的DEG分析 |
| 3.3.4.1 糖酵解和磷酸戊糖途径基因的表达分析 |
| 3.3.4.2 类萜上游途径基因的表达分析 |
| 3.3.4.3 类萜下游途径基因的表达分析 |
| 3.3.5 共表达DEG分析 |
| 3.3.6 候选基因实时定量鉴定 |
| 3.3.6.1 差异表达基因与实时定量结果验证 |
| 3.3.6.2 候选基因时间顺序表达 |
| 3.3.6.3 冷处理和暗处理对候选基因的调控 |
| 3.3.6.4 代谢途径关键基因在不同基因型及不同组织中的表达 |
| 3.3.7 类萜相关基因的反义转录本分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 样本相关性分析 |
| 3.4.2 环境因子对基因表达情况的影响 |
| 3.4.3 天然反义RNA在萜类生物合成中的作用 |
| 3.5 小结 |
| 4 蜡梅TPS基因的克隆以及在烟草中的转化研究 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 植物材料与菌株 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 培养基以及自制药品 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 样品采集及模板准备 |
| 4.2.2 基因开放阅读框(ORF)的克隆及分析 |
| 4.2.3 CpTPSs基因的蛋白诱导 |
| 4.2.3.1 引物设计及全长扩增 |
| 4.2.3.2 表达载体构建 |
| 4.2.3.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检测 |
| 4.2.3.4 重组蛋白纯化及含量测定 |
| 4.2.4 TPS基因在烟草中的转化 |
| 4.2.4.1 表达载体的构建及农杆菌介导法转化 |
| 4.2.4.4 阳性转基因烟草鉴定及表型分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 CpTPSs基因的分离及结构分析 |
| 4.3.1.1 CpTPS313基因序列分析 |
| 4.3.1.2 CpTPS172基因序列分析 |
| 4.3.2 CpTPSs基因多基因型序列比对及系统进化聚类分析 |
| 4.3.2.1 CpTPSs基因序列在基因型间的差异 |
| 4.3.2.2 TPS目的基因的亚家族分类及系统发育分析 |
| 4.3.3 CpTPSs基因的时空表达情况 |
| 4.3.4 TPS目的蛋白的诱导和鉴定 |
| 4.3.5 CpTPSs基因在烟草中的转化 |
| 4.3.5.1 重组质粒和阳性转基因植株的检验 |
| 4.3.5.2 阳性转基因烟草的花香成分分析 |
| 4.3.5.3 阳性转基因烟草的根长测定 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 CpTPS313基因功能推测 |
| 4.4.2 CpTPS172基因可能具有多功能 |
| 4.5 小结 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ |
| 附录Ⅱ 攻读博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（4）整合多组学分析的主要农作物干旱胁迫转录调控研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词表(ABBREVIATION) |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景与意义 |
| 1.2 相关理论和技术概念 |
| 1.2.1 逆境胁迫概述 |
| 1.2.2 组学概述 |
| 1.2.3 多组学整合概述 |
| 1.2.4 机器学习在组学中的应用概述 |
| 1.3 研究现状 |
| 1.3.1 组学研究现状 |
| 1.3.2 组学关联分析研究现状 |
| 1.3.3 多组学在逆境胁迫中的应用现状 |
| 1.3.4 机器学习在组学上应用现状 |
| 1.4 本文主要工作和主要内容 |
| 1.4.1 主要工作 |
| 1.4.2 主要内容 |
| 1.5 本章小结 |
| 第二章 基于干旱胁迫的基因组到转录组的数据整合 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验算法介绍 |
| 2.2.1 双序列比对算法 |
| 2.2.2 多序列比对算法 |
| 2.2.3 基因组功能注释 |
| 2.2.4 转录组核心分析策略 |
| 2.3 主要农作物抗旱调控的RNA-Seq分析 |
| 2.3.1 数据的来源 |
| 2.3.2 数据预处理 |
| 2.3.3 比对和拼接 |
| 2.3.4 计算表达丰度 |
| 2.3.5 差异表达分析 |
| 2.3.6 GO富集分析 |
| 2.3.7 KEGG富集分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 基于干旱胁迫的转录调控的蛋白组学的整合关联分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 直系同源基因的定义 |
| 3.2.2 直系同源基因研究的意义 |
| 3.2.3 基因的相似性概念 |
| 3.2.4 基因同源性和相似性区别以及联系 |
| 3.2.5 系统进化树的构建 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 基因蛋白质同源性比较 |
| 3.3.2 基因系统进化树分析 |
| 3.3.3 直系同源基因KEGG功能富集分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 基于序列的抗旱调控蛋白的生理生化性质预测 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 实验算法介绍 |
| 4.4 实验结果预测 |
| 4.4.1 基因蛋白质理化性质 |
| 4.4.2 基因蛋白质的二、三级结构 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 基于机器学习的主要农作物抗逆性分类比较研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 算法模型概述 |
| 5.2.1 机器学习算法分类 |
| 5.2.2 决策树 |
| 5.2.3 朴素贝叶斯算法 |
| 5.2.4 BP神经网络 |
| 5.2.5 支持向量机 |
| 5.3 实验数据处理 |
| 5.3.1 数据来源 |
| 5.3.2 实验环境 |
| 5.3.3 评价指标 |
| 5.3.4 交叉验证 |
| 5.3.5 刀切法验证 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 决策树结果 |
| 5.4.2 朴素贝叶斯结果 |
| 5.4.3 BP神经网络结果 |
| 5.4.4 支持向量机(SVM)结果 |
| 5.5 对比分析 |
| 5.6 本章小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 工作总结 |
| 6.2 未来展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（5）甜荞耐旱性鉴定与组学分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 作物耐旱性研究现状 |
| 1.1.1 我国干旱现状及干旱对植物的影响 |
| 1.1.2 植物对干旱胁迫的适应机理 |
| 1.1.3 植物耐旱性的评价指标 |
| 1.1.4 植物耐旱性的鉴定方法 |
| 1.1.5 植物耐旱性的分子机理 |
| 1.2 荞麦生长概况和研究的目的与意义 |
| 1.2.1 荞麦的生长概况 |
| 1.2.2 研究的目的与意义 |
| 第2章 干旱胁迫对荞麦幼苗生理生化变化及基因时空表达调控的影响 |
| 2.1 干旱胁迫对荞麦幼苗生理生化变化的影响 |
| 2.1.1 材料与方法 |
| 2.1.2 结果与分析 |
| 2.2 转录组学分析干旱胁迫对荞麦幼苗子叶和根部基因时空表达调控的影响 |
| 2.2.1 材料与方法 |
| 2.2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论与结论 |
| 2.3.1 干旱胁迫对荞麦幼苗形态与生理生化变化的影响 |
| 2.3.2 干旱胁迫对荞麦幼苗多种生物反应过程的影响 |
| 2.3.3 干旱胁迫对荞麦幼苗中功能基因与调控基因表达的影响 |
| 第3章 蛋白质组学结合转录组学分析研究荞麦响应干旱胁迫的分子机理 |
| 3.1 荞麦响应干旱胁迫的蛋白质组学研究 |
| 3.1.1 材料与方法 |
| 3.1.2 结果与分析 |
| 3.2 蛋白质组学联合转录组学分析挖掘参与干旱应答的荞麦耐旱候选基因 |
| 3.2.1 材料与方法 |
| 3.2.2 结果与分析 |
| 3.3 讨论与结论 |
| 3.3.1 干旱胁迫对荞麦幼苗蛋白质表达丰度的影响 |
| 3.3.2 蛋白质组学联合转录组学挖掘荞麦耐旱基因 |
| 第4章 80 份甜荞种质资源耐旱性鉴定及FeDREB1L基因及其启动子等位变异分析 |
| 4.1 80份甜荞种质资源耐旱性鉴定 |
| 4.1.1 材料与方法 |
| 4.1.2 结果与分析 |
| 4.2 FeDREB1L基因及其启动子等位变异分析 |
| 4.2.1 材料与方法 |
| 4.2.2 结果与分析 |
| 4.3 讨论与结论 |
| 4.3.1 荞麦萌发期耐旱性鉴定分析 |
| 4.3.2 FeDREB1L基因及其启动子等位变异分析 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
（6）陆地棉优异种质资源遗传结构与重要农艺性状关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 绪论 |
| 1.1 棉花纤维发育研究进展 |
| 1.2 分子群体遗传学 |
| 1.3 分子群体遗传学的技术 |
| 1.4 本研究所用到的群体遗传学概念 |
| 1.5 陆地棉遗传多样性研究 |
| 1.6 我国陆地棉品种的引进、衍生及育种 |
| 1.7 关联分析 |
| 1.8 SSR 分子标记在棉花研究中的应用 |
| 1.9 产量和纤维品质性状间的相互关系 |
| 1.10 表型性状鉴定 |
| 1.11 本研究的目的和意义 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 陆地棉种质采集 |
| 2.2 田间试验与性状表型 |
| 2.3 标记筛选和基因分型 |
| 2.3.1 DNA琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.4.1 PCR反应 |
| 2.4.2 凝胶电泳 |
| 2.4.3 银染与显色 |
| 2.5 数据分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 表型性状鉴定 |
| 3.2 种群结构与基因流 |
| 3.3 单倍型网络关系 |
| 3.4 产量与纤维品质性状的关联分析 |
| 讨论和结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士/硕士学位期间取得的科研成果 |
（7）利用RNA-seq挖掘澳洲棉7号染色体黄萎病抗性相关基因的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 植物防御反应的分子机制 |
| 1. 植物的免疫系统 |
| 2. 真菌和植物的竞争与适应 |
| 3. 激素介导的植物抗病通路 |
| 4. 基因对基因的抗病性学说 |
| 第二节 棉花与黄萎病菌间的互作 |
| 1. 黄萎病菌的致病机理及研究进展 |
| 2. 棉花的组织结构及生理生化抗性 |
| 3. 棉花抗黄萎病的R基因研究进展 |
| 4. 棉花抗黄萎病的种质资源研究 |
| 5. 棉花抗黄萎病基因的研究进展 |
| 第三节 病毒诱导的基因沉默在抗病研究中的应用 |
| 1. VIGS技术的分子机制 |
| 2. VIGS的病毒载体 |
| 3. VIGS在植物功能基因组学的应用 |
| 第四节 宿主诱导的基因沉默 |
| 1. HIGS的机制 |
| 2. HIGS在抗病研究中的应用 |
| 本研究的目的与意义 |
| 第二部分 研究报告 |
| 第二章 利用RNA-seq技术挖掘澳洲棉7号染色体黄萎病抗性相关基因的研 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 本实验所使用的软件 |
| 1.3 棉花根的转录组建库及测序 |
| 1.4 基因组文件的获取及参考基因组的构建 |
| 1.5 RNA-seq原始数据的质量控制及比对 |
| 1.6 比对后的质量控制及基因的表达量分析 |
| 1.7 差异基因的富集及功能的注释 |
| 1.8 加权基因共表达网络分析(WGCNA) |
| 1.9 功能基因的VIGS分析 |
| 2 结果分析 |
| 2.1 澳洲棉7号染色体易位系的鉴定 |
| 2.2 澳洲棉7号染色体片段对黄萎病的抗性鉴定 |
| 2.3 黄萎病菌—易位系棉花的互作转录组测序 |
| 2.4 黄萎病菌感染后棉花转录组的变化 |
| 2.5 差异基因的功能注释 |
| 2.6 差异基因的表达模式聚类分析 |
| 2.7 差异基因的共表达网络分析(WGCNA) |
| 2.8 澳洲棉抗黄萎病相关基因的确定 |
| 2. 9 VIGS验证候选基因 |
| 3 讨论 |
| 3.1 对病原菌-植物互作转录组的高通量测序 |
| 3.2 涉及应对病原菌侵袭的植物激素信号通路分析 |
| 3.3 防御反应可能与苯丙烷类生物合成途径有关 |
| 3.4 WGCNA在植物—病原菌互作中的应用 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 致谢 |
（8）基于蔓越橘果实转录组的内参基因的筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 蔓越橘概述 |
| 1.2 蔓越橘研究进展 |
| 1.3 实时荧光定量PCR |
| 1.4 内参基因 |
| 1.5 转录组 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 主要仪器设备 |
| 2.3 主要生化试剂 |
| 2.4 试验方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 总RNA提取及检测 |
| 3.2 候选内参基因的差异表达分析结果及引物设计 |
| 3.3 引物检测 |
| 3.4 数据分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 筛选蔓越橘内参基因的必要性 |
| 4.2 结合转录组数据进行内参基因筛选的意义 |
| 4.3 蔓越橘内参基因筛选结果分析 |
| 4.4 三个统计学软件的算法差异 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（9）白桦全基因组测序及分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 白桦概述 |
| 1.2 木本植物基因组学研究进展 |
| 1.2.1 测序技术的发展 |
| 1.2.2 主要木本植物基因组研究概述 |
| 1.2.3 木本植物基因组测序面临的问题 |
| 1.3 植物细胞器基因组研究进展 |
| 1.3.1 植物叶绿体基因组研究概述 |
| 1.3.2 植物线粒体基因组研究概述 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 2 白桦基因组调研 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 DNA提取及检测 |
| 2.1.3 文库构建及测序 |
| 2.1.4 数据过滤及质控 |
| 2.1.5 k-mer分析及基因组评估 |
| 2.1.6 基因组初步组装 |
| 2.1.7 基因组GC_depth分布图 |
| 2.1.8 基因组污染物鉴定与过滤 |
| 2.1.9 组培苗的获得与培养 |
| 2.1.10 组培苗建库测序及GC_depth分布图 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 DNA检测及质控 |
| 2.2.2 数据清洗和过滤 |
| 2.2.3 k-mer分析及基因组评估 |
| 2.2.4 基因组初步组装统计 |
| 2.2.5 基因组GC_depth分布图分析 |
| 2.2.6 基因组污染物鉴定与过滤 |
| 2.2.7 组培苗基因组GC_depth分布图及比对分析 |
| 2.3 讨论 |
| 3 白桦叶绿体基因组组装及分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料与建库测序 |
| 3.1.2 数据过滤与序列提取 |
| 3.1.3 叶绿体基因组组装 |
| 3.1.4 叶绿体基因组注释 |
| 3.1.5 密码子和起始密码子选择统计 |
| 3.1.6 基因组比较分析 |
| 3.1.7 IR区扩张收缩分析 |
| 3.1.8 重复序列和SSR序列分析 |
| 3.1.9 RNA编辑位点的预测与识别 |
| 3.1.10 系统发育及演化分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 叶绿体基因组组装 |
| 3.2.2 叶绿体基因组注释 |
| 3.2.3 密码子及替代起始密码子使用统计 |
| 3.2.4 近缘种叶绿体基因组比较分析 |
| 3.2.5 IR区扩张收缩分析 |
| 3.2.6 重复序列和SSR序列分析 |
| 3.2.7 RNA编辑位点的识别与预测 |
| 3.2.8 系统发育及演化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 4 白桦线粒体基因组组装及分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料与建库测序 |
| 4.1.2 数据过滤与线粒体序列提取 |
| 4.1.3 线粒体基因组组装 |
| 4.1.4 与银桦线粒体基因组共线性分析 |
| 4.1.5 线粒体基因组注释 |
| 4.1.6 重复序列和SSR序列分析 |
| 4.1.7 根组织RNA提取及测序 |
| 4.1.8 RNA编辑位点识别 |
| 4.1.9 与叶绿体基因组共线性分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 线粒体基因组组装 |
| 4.2.2 与银桦线粒体基因组共线性分析 |
| 4.2.3 线粒体基因组注释 |
| 4.2.4 重复序列和SSR序列分析 |
| 4.2.5 RNA编辑位点的识别 |
| 4.2.6 与叶绿体基因组共线性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 5 白桦核基因组组装及分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 长片段DNA提取 |
| 5.1.2 DNA建库测序 |
| 5.1.3 RNA提取及建库测序 |
| 5.1.4 RNA-Seq数据清洗和过滤 |
| 5.1.5 基因组组装 |
| 5.1.6 遗传图谱的构建 |
| 5.1.7 染色体挂载 |
| 5.1.8 重复序列查找 |
| 5.1.9 非编码RNA注释 |
| 5.1.10 基因结构注释 |
| 5.1.11 基因功能注释 |
| 5.1.12 基因组可视化 |
| 5.1.13 基因组共线性分析 |
| 5.1.14 全基因组复制分析 |
| 5.1.15 与其他被子植物同源基因分析 |
| 5.1.16 系统发育树构建与基因家族扩张收缩分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 DNA质量检测 |
| 5.2.2 第三代测序数据统计 |
| 5.2.3 RNA-Seq数据统计及过滤 |
| 5.2.4 基因组初步组装 |
| 5.2.5 基因组序列纠错及过滤 |
| 5.2.6 基因组组装质量评估 |
| 5.2.7 遗传图谱分析 |
| 5.2.8 基因组染色体挂载分析 |
| 5.2.9 基因组重复序列分析 |
| 5.2.10 非编码RNA注释 |
| 5.2.11 基因结构注释 |
| 5.2.12 基因功能注释 |
| 5.2.13 基因组可视化 |
| 5.2.14 基因组共线性分析 |
| 5.2.15 全基因组复制分析 |
| 5.2.16 与其他被子植物同源基因分析 |
| 5.2.17 系统发育树构建与基因家族扩张收缩分析 |
| 5.3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学博士学位论文修改情况确认表 |
（10）滇中磷差异立地栓皮栎化学计量特征和代谢组及遗传变异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 基于P获得性的植物养分变异特征研究进展 |
| 1.2 基于P获得性的植物代谢物组成研究进展 |
| 1.3 基于P获得性的植物遗传变异研究进展 |
| 1.4 研究区域以及研究对象的概况 |
| 1.5 关键科学问题 |
| 1.6 研究内容、目的及意义 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 主要研究目的 |
| 1.6.3 研究意义 |
| 1.7 技术路线 |
| 第二章 滇中不同磷立地栎树种子生态化学计量特征 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 研究区域和材料 |
| 2.2.2 土壤和种子样品的准备 |
| 2.2.3 化学元素分析 |
| 2.2.4 内稳态计算 |
| 2.2.5 统计分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 富P和贫P立地不同林分土壤和种子元素化学计量特征 |
| 2.3.2 立地类型和栎树树种对种子元素含量组成的影响 |
| 2.3.3 栎树种子元素内稳态特征 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 滇中富磷和贫磷立地栓皮栎叶片养分回流化学计量特征 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 研究地点 |
| 3.2.2 样品采集 |
| 3.2.3 化学元素分析 |
| 3.2.4 养分回流率和回流能力计算 |
| 3.2.5 统计分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 土壤、鲜叶和凋落叶养分化学计量特征 |
| 3.3.2 养分回流化学计量特征 |
| 3.3.3 养分回流化学计量与养分化学计量关系 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 富P和贫P立地栓皮栎叶片养分回流特征 |
| 3.4.2 富P和贫P立地栓皮栎叶片P回流与土壤P变异关系 |
| 3.4.3 富P和贫P立地栓皮栎养分回流化学计量和养分化学计量特征 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 滇中富磷和贫磷立地栓皮栎叶片代谢组和离子组特征 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 研究地点 |
| 4.2.2 样品采集 |
| 4.2.3 化学元素分析 |
| 4.2.4 代谢组气相色谱-质谱联用(GC-MS)分析 |
| 4.2.5 代谢组液相色谱-质谱联用(LC-MS)分析 |
| 4.2.6 GC-MS分析数据处理 |
| 4.2.7 LC-MS分析数据处理 |
| 4.2.8 统计分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 富P和贫P立地栓皮栎叶片代谢组和离子组特征 |
| 4.4.2 富P和贫P立地间栓皮栎代谢通路特征 |
| 4.4.3 富P和贫P立地间差异代谢物和元素的关系 |
| 4.4.4 基于富P和贫P立地的栓皮栎化学表型特征 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 滇中富磷和贫磷立地栓皮栎种群遗传变异及分化特点 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 样地选择 |
| 5.2.2 栓皮栎叶片样品采集 |
| 5.2.3 叶片DNA提取 |
| 5.2.4 Double digest RAD-seq建库 |
| 5.2.4.1 限制性内切酶酶切 |
| 5.2.4.2 片段选择 |
| 5.2.4.3 接头连接及定量 |
| 5.2.4.4 PCR扩增 |
| 5.2.4.5 文库制备与片段选择 |
| 5.2.4.6 文库定量检测 |
| 5.3 高通量测序及SNP分析 |
| 5.3.1 高质量数据获取 |
| 5.3.2 比对分析 |
| 5.3.2.1 参考基因组整理 |
| 5.3.2.2 序列比对 |
| 5.3.2.3 测序深度统计 |
| 5.3.3 SNP分析 |
| 5.4 统计分析 |
| 5.5 结果 |
| 5.5.1 栓皮栎群体遗传多样性和遗传结构分析 |
| 5.5.2 富P和贫P立地栓皮栎群体选择信号分析 |
| 5.6 讨论 |
| 5.6.1 天然P变异立地栓皮栎种群遗传多样性 |
| 5.6.2 天然P变异立地栓皮栎群体遗传结构及变异特征 |
| 5.6.3 富P和贫P立地栓皮栎种群选择信号分析 |
| 5.6.4 富P和贫P立地栓皮栎种群适应性特征 |
| 5.7 本章小结 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 主要研究结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的科研论文及其他 |
| 致谢 |
四、Genetics, Genetic Collection of Characters of Structural Shrub Characteristics of G. hirsutum L.（论文参考文献）
- [1]茶树转录组组装评估与多组学生物信息平台开发[D]. 李方东. 安徽农业大学, 2021(01)
- [2]陆地棉种子油脂性状和物理性状的遗传分析[D]. 陈晨. 塔里木大学, 2021
- [3]基于转录组测序挖掘蜡梅挥发类萜代谢途径关键基因及功能分析[D]. 李响. 华中农业大学, 2020(05)
- [4]整合多组学分析的主要农作物干旱胁迫转录调控研究[D]. 窦慧敏. 安徽农业大学, 2020(04)
- [5]甜荞耐旱性鉴定与组学分析[D]. 侯泽豪. 长江大学, 2020(02)
- [6]陆地棉优异种质资源遗传结构与重要农艺性状关联分析[D]. 张娜瑶. 西北大学, 2019(12)
- [7]利用RNA-seq挖掘澳洲棉7号染色体黄萎病抗性相关基因的研究[D]. 刘富杰. 南京农业大学, 2019(08)
- [8]基于蔓越橘果实转录组的内参基因的筛选[D]. 李晨. 吉林农业大学, 2019(03)
- [9]白桦全基因组测序及分析[D]. 王遂. 东北林业大学, 2019
- [10]滇中磷差异立地栓皮栎化学计量特征和代谢组及遗传变异研究[D]. 姬华伟. 上海交通大学, 2019(06)